全基因组DNA甲基化测序(WGBS)

Flowing glass-like molecular structure in blue. Conceptual digital art with a tech twist.

产品介绍

全基因组DNA甲基化测序(Whole Genome Bisulfite Sequencing, WGBS)被视为DNA甲基化研究的“金标准”,结合重亚硫酸盐(Bisulfite)处理和高通量测序技术,可实现全基因组范围内单个C碱基的甲基化分析,适用于全基因组精细甲基化图谱的构建。

常规全基因组甲基化测序技术通过T4-DNA连接酶,在超声波打断基因组DNA片段的两端连接接头序列,连接产物通过重亚硫酸盐处理将未甲基化修饰的胞嘧啶C转变为尿嘧啶U,进而通过接头序列介导的PCR技术将尿嘧啶U转变为胸腺嘧啶T。

技术优势

运用范围广

适用于人和大多数动植物研究(参考基因组)

全基因组覆盖

最大限度地获取完整的全基因组甲基化信息,精准绘制甲基化图谱

单碱基分辨率

可精确分析每一个C碱基的甲基化状态

实验策略

信息分析

技术参数

样本要求项目周期
样品DNA需求量:不同样本需求不同,人类样本≥ 2μg;样品DNA纯度:OD260/280 = 1.8~2.0;样品DNA完整性:DNA 无明显降解,需提供凝胶电泳检测胶图;其它注意事项:①采用QUBIT 对 DNA样品进行检测,最终DNA量以我们的检测结果为准;② 若DNA总量超过样品要求,可要求保存样品;项目完成后,将不再保存剩余样品。15个样本以下标准运转周期约为60个工作日。由于不同的物种所需的数据量不同,所需的建库数量差别很大,因此遇样品数较多时,项目周期需要与技术支持人员确定。

 

案例分析

案例:两种状态的小鼠胚胎干细胞的甲基化组学研究

Whole-Genome Bisulfile Sequencing of Two Distinct Interconvertible DNA Methylomes of Mouse Embryonic Stem Cells. Cell Stem Cell(2013),13(3),360-369.

背景:

小鼠胚胎干细胞一般生长在含有血清的基质中,被称作血清干细胞(serum ESCs);加两种激酶抑制因子使胚胎干细胞在无血清的情况下更能保持多能性的基态,这种干细胞称为2i干细胞(2iESCs);这两种状态的胚胎干细胞可以互相转化。以前这方面的甲基化研究大多基于质谱,覆盖度和研究结果有限,尚缺乏2i胚胎干细胞的甲基化组学研究。

方法:

利用全基因组Bisulfite甲基化测序,对这两种可互相转换的小鼠胚胎干细胞进行甲基化组学研究。

结论:

全面准确的检测了两种小鼠胚胎干细胞的DNA甲基化修饰并进行了系统的比较;同serum ESCs相比,雄性2iESCs全局低甲基化;在血清中,雌性ESCs跟雄性2iESCs类似呈现全局低甲基化,而在2iESCs状态下,甲基化水平会进一步降低。

不同状态下小鼠胚胎干细胞的甲基化修饰比较

发表评论

您的邮箱地址不会被公开。 必填项已用 * 标注

滚动至顶部